JKCのスタンダードでシェルティーに認められている毛色は次の５種類です。

トライ
黒（ブラック）、白（ホワイト）、茶（タン）の３色のコートをもちます。
トライの名称はTricolor（トリコロール＝三色旗）に由来しています。
タンやホワイトの入り方は個体によってさまざまですが、タンは目の上、頬、四肢や尻尾の下側にあらわれ、ホワイトは顎や胸、四肢の先、尾の先端に表現されることが多いです。

ブルーマール
ブルー（青灰色）のコートの上にマール遺伝子と呼ばれる遺伝子の作用で大理石のような黒い斑点模様をもつ毛色で、トライと同様にホワイトとタンの色が表現されます。マール遺伝子は目の色にも影響を持つため、目がブルーなものや、こげ茶の目の中にブルーの色をもつものもいます。

セーブル（ピュア）
あざやかな茶色のコートをもちます。
ゴールデンからマホガニー、その色合いはさまざまですが、黒の遺伝子をもたないため純粋なセーブル、と言う意味でピュアセーブルとも呼ばれます。
顎、胸、四肢、尾の先端にホワイトが入るのは許されます。

セーブル（ヘテロ）
ヘテロセーブルといわれるセーブルは、黒の遺伝子を持っているため成長に伴って茶色の部分に黒い差し毛があらわれ全体的に黒っぽく見えることがあります。

バイブラック
タンの色を表現する遺伝子をもたないため、黒と白の２色のコートで表現されます。

バイブルー
ブルーマールと同じくマール遺伝子を持つ毛色ですが、バイブラックと同様にタンの色を表現する遺伝子をもたないため、タンの色がないブルーマールとなります